El estudio del sistema inmune requiere la capacidad de realizar análisis detallados en células individuales. La citometría de flujo convencional ha sido uno de los métodos de elección para tal propósito al permitir la caracterización de la expresión de proteínas unicelulares. Desde su invención, los avances en citometría de flujo han sido dictados por los avances en la parte óptica de los instrumentos y el desarrollo de nuevos fluorocromos, ambos encaminados a aumentar el número de fluorocromos que se pueden usar simultáneamente. Debido a limitaciones en los sistemas de detección óptica, el máximo número de parámetros está limitado a 28 en citómetros convencionales de alta gama. El desarrollo y optimización de la citometría de flujo de espectro completo ha roto con esta barrera. Al explorar el espectro completo emitido por cada fluorocromo, desde el ultravioleta al infrarrojo cercano, a través de múltiples láseres y utilizando muchos más detectores en comparación con un citómetro de flujo convencional, se producen huellas espectrales específicas. Estas se utilizan para distinguir matemáticamente un fluorocromo de otro, incluso cuando sus emisiones máximas son muy similares, abriendo la posibilidad de utilizar un mayor número de fluorocromos de manera efectiva y con alta resolución. En este seminario se explicarán los avances ópticos y matemáticos que facilitan la detección de múltiples marcadores, 40 hasta la fecha. Se explicarán también los pasos a seguir basados en nuestra experiencia para desarrollar ensayos de 40 colores de muy alta calidad. Estos ensayos, combinados con nuevos métodos de análisis de datos, permitirán una exploración del sistema inmune de manera más detallada y completa.